Angefangen hat Werner Boote als Kabelhalter und erarbeitete sich alle notwendigen Zutaten zum Filmemachen. Er studierte Theaterwissenschaft, Publizistik und Soziologie an der Universität Wien sowie an der Filmakademie. Nach langjährigen Regieassistenzen (unter anderem bei Robert Dornhelm und Ulrich Seidl) begann Werner Boote 1993 eigene Filme zu machen.  Seinen Schwerpunkt setzte er anfangs auf Musik, darunter die Videos "Anouk – Sacrifice" (1999) und "Andrea Bocelli – Cieli di Toscana" (2002) und zahlreiche preisgekrönte Musikdokumentarfilme wie zum Beispiel "Kurt Rydl - der Gladiator" (2007), der eine Nominierung zum Europäischen Filmpreis FIPA erhielt. 2009 erschien sein Dokumentarfilm "Plastic Planet", 2014 "Population Boom".

Zwischen 1993 und 2002 lebte und arbeitete Werner Boote in Amsterdam. Heute hat er seinen Wohnsitz in Wien.