Helmut Fleinghaus wurde 1958 geboren und stammt aus Wuppertal. Ersten Orgelunterricht erhielt er bei Prof. Dr. Joachim Dorfmüller. Von 1977 bis 1983 studierte er an Musikhochschule und Universität Köln die Fächer Schulmusik, Philosophie, Pädagogik, Musikwissenschaft, Evangelische Kirchenmusik und Hochschulklasse Orgel, u. a. bei Prof. Clemens Ganz (Orgel), Prof. Dr. Henning Frederichs (Orgelimprovisation) und Prof. Dr. Heinrich Hüschen als Doktorvater.

1981 bis 1983 absolvierte er das Erste Staatsexamen für das Lehramt an der Sekundarstufe II in Musik und Philosophie, das staatliche A-Examen Evangelische Kirchenmusik, die Künstlerische Reifeprüfung im Fach Orgel und – mit einer Dissertation über "Die Musikanschauung des Erasmus von Rotterdam" – die Promotion in Musikwissenschaft. Nach dem Referendariat in Hagen und Schwelm folgte 1986 das Zweite Staatsexamen für das Lehramt an der Sekundarstufe II. 1985 erhielt Fleinghaus eine Dozentur für Musikgeschichte und Orgel in Herford. 1991 wurde er zum Professor ernannt. 1995 wurde er zum stellvertretenden Rektor und 2007 zum Rektor der Hochschule gewählt. 1987 - 2005 war er als Orgelsachverständiger für die Evangelische Kirche von Westfalen tätig.

Umfangreiche Konzert- und Referententätigkeit führte ihn durch verschiedene Länder Europas und in die USA. Daneben trat er durch wissenschaftliche Veröffentlichungen hervor. Auf Platten und CDs sowie bei Rundfunk- und Fernsehaufnahmen spielte er u. a. Orgelwerke von Sweelinck, Buxtehude, J. S. Bach, Mendelssohn, van Eijken, Widor, Dupré, Alain, Vaughan Williams, Krol und Frederichs ein, darunter Erstaufnahmen der Fantasia notturna für Trompete und Orgel von B. Krol (gemeinsam mit Frieder Steinle), der Sonate für Orgel von N. Laufer und der bitS & pieceS desselben Komponisten. Gemeinsame CD- und Rundfunkaufnahmen erbrachte die Zusammenarbeit Fleinghaus´ mit dem Ensemble Musica Clarina (mit Frieder Steinle und Erich Neitmann, Trompete), dem Pianisten Reinhard Langnickel sowie mit den Organistinnen und Organisten Ruth Forsbach, Almuth Reuther, Tilman Benfer, Johannes Geffert u. a.