Die Leitungsorgane der EKD sind Synode, Rat und Kirchenkonferenz. Sie tragen die Verantwortung für die Wahrnehmung der Aufgaben der EKD, die in der kirchlichen Verfassung, der Grundordnung der EKD, festgehalten sind. Die Verwaltung und die laufenden Geschäfte von Synode, Rat und Kirchenkonferenz führt das Kirchenamt der EKD.
Die derzeitige 11. Synode besteht aus 126 Mitgliedern. 106 Synodale wurden durch die Synoden der 20 Gliedkirchen gewählt, 20 Synodale hat der Rat berufen. Die Synodalen haben jeweils zwei Stellvertreter oder Stellvertreterinnen. Die Synode hat die Aufgabe, Angelegenheiten, die die EKD betreffen, zu beraten und über sie zu beschließen. Dazu gehören etwa Kirchengesetze sowie Vorlagen des Rates und der Kirchenkonferenz.
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Die Kirchenkonferenz wird von Vertreterinnen und Vertretern der Leitungen der 20 Gliedkirchen gebildet. In der Arbeit der Kirchenkonferenz findet die direkte Mitverantwortung der Landeskirchen für den Weg der EKD ihren Niederschlag. Die Kirchenkonferenz hat die Aufgabe, über die Arbeit der EKD und die gemeinsamen Anliegen der Gliedkirchen zu beraten, sie kann dem Rat und der Synode Vorlagen zuleiten und Anregungen geben. Bei der Gesetzgebung und der Wahl des Rates wirkt sie ausdrücklich mit. Den Vorsitz in der Kirchenkonferenz hat stets der oder die Ratsvorsitzende inne.
Der Rat leitet die EKD in allen Angelegenheiten, die nicht ausdrücklich anderen Organen vorbehalten sind. Insbesondere soll er für die Zusammenarbeit der kirchlichen Werke und Verbände in allen Bereichen sorgen, die evangelische Christenheit in der Öffentlichkeit vertreten und zu Fragen des religiösen und gesellschaftlichen Lebens Stellung nehmen.
Dem Rat der EKD gehören für eine Amtsperiode von sechs Jahren 15 Mitglieder an, von denen 14 gemeinsam von Synode und Kirchenkonferenz gewählt werden; die oder der Präses der Synode ist 15. Mitglied kraft Amtes. Die aktuelle Amtszeit des Rates endet im November 2015. Aus der Mitte der gewählten Ratsmitglieder bestimmen Synode und Kirchenkonferenz wiederum gemeinsam in getrennten Wahlgängen mit Zweidrittelmehrheit den Vorsitzenden oder die Vorsitzende des Rates und dessen bzw. deren Stellvertreter oder Stellvertreterin.
Scheidet ein Mitglied aus dem Rat aus, erfolgt für dieses eine Neuwahl für den Rest der Amtsdauer des Rates. Sie wird von einem Ratswahlausschuss vorbereitet, der Synode und Kirchenkonferenz spätestens zwei Wochen vor Beginn der Synodaltagung einen Wahlvorschlag für den zu besetzenden Platz im Rat vorlegt. Im Jahr 2014 tagt die Synode von 9. bis 12. November 2014 in Dresden. Wird der Ratsvorsitz vakant, erfolgt die Wahl einer Nachfolgerin bzw. eines Nachfolgers für die verbleibende Zeit der Amtsperiode des Rates. Gleiches gilt für die Wahl eines Stellvertreters oder einer Stellvertreterin, die in einem gesonderten Wahlgang erfolgt.