Die bayerische evangelische Landeskirche geht nach Einschätzung von Betroffenen als Arbeitgeber vergleichsweise vorbildlich mit dem Thema Transsexualität oder Transidentität um. Vor allen Dingen im Hinblick auf die Tatsache, dass es in einer großen Landeskirche wie der bayerischen ganz unterschiedliche Frömmigkeitsrichtungen gibt, deren Ansichten zu dem Thema weit auseinandergehen. Einem Sprecher der Landeskirche zufolge unterstützt die Kirchenleitung die betroffenen Pfarrerinnen oder Pfarrer bei ihrem Wunsch nach einer Namens- und Geschlechtsänderung sowie einer operativen Geschlechtsangleichung so gut es geht.
In den vergangenen Jahren hätten alle betroffenen Pfarrerinnen und Pfarrer die Zusicherung erhalten, weiterhin im Pfarrdienst tätig sein zu können. Das kann auch Dorothea Zwölfer bestätigen, die sich im April 2013 outete - bis dahin kannten sie die Menschen als Pfarrer Andreas Zwölfer: "Die Kirchenleitung war gut informiert und hat mit Verständnis reagiert." Was für viele selbstverständlich klingt, ist in der Realität jedoch mitnichten so. Viele Transsexuelle oder Transidente machen nach ihrem Outing die Erfahrung, dass sich nicht nur Freunde und Familienmitglieder abwenden, sondern eben auch Arbeitskollegen und Arbeitgeber.
Pfarrerin Dorothea Zwölfer macht sich sowohl für ein neues Transsexuellengesetz nach dem Vorbild Argentiniens stark, wie auch für eine Reform der Pfarrstellenbesetzungsordnung der bayerischen Landeskirche. Es gebe nämlich etliche Kirchenvorstände, die mit Grundsatzbeschlüssen homosexuelle Pfarrerspaare abgelehnt haben. Das betrifft dann auch Transsexuelle, die nach dem Coming Out weiter mit ihrem bisherigen Partner zusammenleben. "Dadurch sinkt die Zahl der offenen Stellen, auf die man sich bewerben kann, deutlich."
Sie fordert eine Überarbeitung dieser Ordnung, ist aber auch nicht dafür, Gemeinden einen homosexuellen Pfarrer oder ein homosexuelles Pfarrerspaar gegen deren Willen zuzuweisen. "Ich will jedoch, dass die Kirchenvorstände sich mit den Trans- und Homosexuellen unterhalten müssen, dass es ein Bewerbungsgespräch gibt", sagt Zwölfer. "Bislang können die Kirchenvorstände mit Verweis auf den Grundsatzbeschluss das Gespräch nämlich einfach ablehnen." Wenn der Kirchenvorstand nach dem Gespräch "Nein" sage, sei das natürlich okay: "Aber sich dem Gespräch, der Auseinandersetzung zu entziehen, finde ich nicht gut.
Die bayerische Landeskirche teilte auf Anfrage des Evangelischen Pressedienstes (epd) mit, es seien momentan keine Änderungen am Pfarrdienstausführungsgesetz und der Pfarrstellenbesetzungsordnung geplant. Beide Bestimmungen aus dem Jahr 2012 seien das Ergebnis eines "langen und schwierigen" Meinungsbildungsprozesses in der Landessynode, hieß es.