Der Innenminister verwies dabei auf die Aussage "Der Islam gehört nicht zu Deutschland" zu Beginn seiner Amtszeit. Den Satz wiederholte er nicht, verwies lediglich auf die christliche und jüdische Prägung Deutschlands.

Die zentrale Frage für die Islamkonferenz in dieser Wahlperiode sei für ihn, wie ein Islam in Deutschland gefördert werden könne, "der in unserer Gesellschaft verwurzelt ist", sagte Seehofer. Er unterstrich sein Ziel, ausländische Einflüsse auf deutsche Moschee-Gemeinden zu ersetzen durch eigene Strukturen, auch bei der praktischen Imam-Ausbildung. Es sei Angelegenheit der muslimischen Gemeinschaften, das zu organisieren. Die Bundesregierung sei hier kein Vormund, habe aber Interesse an der Ausbildung deutscher Imame.

Seehofer kündigte ein Programm "Moscheen für Integration" an, über das muslimische Gemeinden Förderung für Integrationsarbeit erhalten können. Der Haushaltstitel sei bereits eingeplant. Mit wie viel Geld das Programm ausgestattet werden soll, sagte er nicht.

Seehofer hatte zur Islamkonferenz stärker als seine Vorgänger muslimische Einzelpersonen eingeladen. 240 Teilnehmer waren für die Veranstaltung am Mittwoch angemeldet. Seehofer sagte, die Islamkonferenz werde unter seiner Leitung in der Zusammensetzung breiter und vielfältiger sowie in der Arbeitsweise flexibler. Nach eigenen Worten will er auf feste Gremien verzichten, sondern in unterschiedlichen Formaten alltagspraktische Fragen der Muslime in Deutschland diskutieren.