International legt das Hilfswerk seit einiger Zeit besonderes Gewicht auf die psychosoziale Unterstützung von Piratenopfern und Hilfen für Seeleute in der Flüchtlingskrise. An der Nord- und Ostsee leistet die Organisation in Zusammenarbeit mit dem Havarie-Kommando in Cuxhaven Notfallseelsorge. Die Arbeit wird aus Kirchensteuern, öffentlichen Mitteln, Spenden und freiwilligen Schiffsabgaben der Reeder finanziert.

Ihre Wurzeln hat sie im diakonischen "Komitee für kirchliche Versorgung im Ausland", das am 29. September 1886 gegründet wurde. Heute wollen die etwa 700 Haupt- und Ehrenamtlichen rund um den Globus mit Freizeitangeboten außerhalb der Bordroutine der Vereinsamung und Entfremdung in den zunehmend multinationalen Besatzungen entgegenwirken. Sie arbeiten eng mit anderen christlichen Seemannsmissionen und Organisationen wie der Internationalen Transportarbeiter-Gewerkschaft ITF zusammen.

Gemeinsam setzen sie sich dafür ein, die Lebens- und Arbeitsverhältnisse an Bord zu verbessern. Dafür unterhält die Deutsche Seemannsmission im Ausland ein Netz von 16 Stationen, beispielsweise in Lomé, Valparaiso und Rotterdam. In Deutschland gibt es ebenfalls 16 Standorte, die von eigenständigen Inlandsvereinen getragen werden. Unter ihnen sind Bremen, Hamburg, Rostock, Brunsbüttel, Bremerhaven, Cuxhaven und Emden. Auch in Duisburg, dem größten Binnenhafen Europas, ist die Seemannsmission tätig.