"Verschlusssache" beginnt mit einem tragischen Ereignis: Beim Test einer neuartigen Artilleriemunition wird ein Soldat lebensgefährlich verletzt. Sein Vater, Max Wemmer (Ulrich Noethen), ist überzeugt, dass der Vorfall kein Unfall war. Um die Öffentlichkeit darauf aufmerksam zu machen, dass die Bundeswehr die Hintergründe vertuschen will, filmt er sich dabei, wie er vor der Kaserne seines Sohnes eine brennende Deutschlandfahne hisst, und stellt das Video ins Internet. Der Mann ist Sozialreferent und seine Tat daher ein Fall für die Abteilung Interne Ermittlungen. Prohacek, die den Schmerz des Vaters sehr gut nachvollziehen kann, lässt sich von seinen Mutmaßungen anstecken. Sie beginnt zu recherchieren und findet raus, dass bei dem Test womöglich tatsächlich nicht alles mit rechten Dingen zugegangen ist; offenbar ist Streumunition eingesetzt worden, die in Deutschland verboten ist. Als sich schließlich der Militärische Abschirmdienst (MAD) einmischt und die Ereignisse zur Verschlusssache erklärt, weiß die Kriminalrätin, dass sie auf dem richtigen Weg ist.

Es gibt im deutschen Fernsehen keine vergleichbare Reihe, die wie "Unter Verdacht" nun schon seit gut 15 Jahren immer wieder brisante und äußerst heikle Themen aufgreift. Die keineswegs unerschrockene, aber stets unbeugsame Ermittlerin setzt auch in diesem naturgemäß von Männern dominierten Fall auf ihre bewährte Methode: Für eine Frau, signalisiert sie, sei das ja alles viel zu technisch. Wenn sie ihre Testosteron-gesteuerten Gesprächspartner dann auch noch mädchenhaft unschuldig anlächelt, sind ihr die Gegenspieler längst auf den Leim gegangen. Aber auch andere verfügen über solche Waffen: Die zweite wichtige Frauenrolle in dieser Geschichte spielt Katja Weitzenböck. Susanne Delgarde scheint zunächst überhaupt nichts mit dem eigentlichen Fall zu tun zu haben, aber es ist doch zu erahnen, dass die mondäne Witwe, die Prohaceks Vorgesetzten, Claus Reiter (Gerd Anthoff), um den kleinen Finger wickelt, irgendwie in die Angelegenheit involviert ist. Die entsprechenden Szenen inszeniert Regisseur Ulrich Zrenner fast wie eine romantische Komödie, sodass der opportunistische Reiter beinahe sympathische Züge annimmt; gegenüber seinen Mitarbeitern bleibt er allerdings der gewohnte Kotzbrocken, und am Ende reiht er sich in die Phalanx der tragischen Figuren ein, von denen es in diesem Film eine ganze Menge gibt.

Neben der stets fesselnden und ausnahmslos vorzüglich gespielten Handlung imponiert "Verschlusssache" einmal mehr durch den Mut der Verantwortlichen, ein heißes Eisen anzupacken. Ähnlich wie in Daniel Harrichs Thriller "Meister des Todes" (2015) geht es letztlich um illegale deutsche Waffenexporte. Dem Autor Mike Bäuml kommt dabei nicht nur das Verdienst zu, das Beziehungsgeflecht zwischen Bundeswehr (repräsentiert durch Johannes Zirner als Wemmers Vorgesetztem), Rüstungsindustrie (Peter Kremer) und Lobbyisten (Felix Vörtler) glaubwürdig zu entschlüsseln, sein Drehbuch steckt zudem voller zum Teil technisch anspruchsvoller Informationen, die sich aber auf einen einfachen dialektischen Nenner bringen lassen: Es gibt gute Munition und böse Munition. Böse Munition streut und ist völkerrechtlich geächtet, gute, "intelligente" Munition trifft angeblich nur "harte" Ziele, so dass es nicht zu Kollateralschäden kommt. Die entsprechenden Dialoge sind nie jedoch langatmig oder überfordernd. Dass sich die Geschichte nicht in technischen Details verliert, hängt nicht zuletzt mit dem emotionalen Anteil zusammen: Ohne je gefühlig zu werden, stellt der Film die Betroffenheit des Vaters in den Vordergrund. Tiefe bekommt diese Figur, weil Wemmer den Wehrdienst "selbstverständlich verweigert" hat und mit seinem Sohn über Kreuz lag, als der sich verpflichtet hat. Endgültig schmutzig wird die Sache, als ein Oberst (Gerhard Wittmann) behauptet, der junge Mann habe Antidepressiva genommen, und somit andeutet, es könne sich um einen Suizidversuch gehandelt haben, was natürlich Folgen für die Versicherung hätte; deshalb solle es doch besser beim Testunfall bleiben. Die Haltung des Films zeigt sich nicht zuletzt in einem Dialog zwischen Prohaceks Mitarbeiter Langner (Rudolf Krause) und dem Vorgesetzten. Als Reiter sagt, er wisse nicht mal, was der MAD genau mache, wirft Langner trocken ein: "Waterboarding".